Научный сотрудник (Пространственная транскриптомика, scRNA-seq)

В Центре живых систем МФТИ реализуется ряд фундаментальных проектов с применением транскриптомики единичных клеток (scRNA-seq) и пространственной транскриптомики. В частности, проекты посвящены раскрытию механизмов обновления тканей и органов эндокринной системы человека и модельных животных, выявлению стволовых, прогениторных и переходных клеточных состояний, а также описанию их роли, регуляции, пространственного расположения, принципов формирования и поддержания ниши. Изучаются взаимосвязи между процессами самообновления и регенерации тканей с основными этапами канцерогенеза, а также участие иммунной системы в раннем подавлении процессов канцерогенеза и изучение способов преодоления опухолями иммунного ответа. Выявление ключевых драйверов развития аутоиммунных заболеваний эндокринной системы, в частности диабета первого типа и аутоиммунного тиреоидита и т.п.

Для анализа транскриптомов опухолевых клеток, описания их внутреннего разнообразия и гетерогенности их микроокружения применяют scRNA-seq, поскольку только этот метод позволяет выявлять и описывать редкие подпопуляции клеток, эффективно разделять экспрессионные сигнатуры по принадлежности к клеточным типам и решать ряд других задач (Griffiths J.A. et al. , 2018. 10.15252/msb.20178046). Выявленные в ходе анализа scRNA-seq данных подпопуляции или маркеры должны затем быть верифицированы независимыми методами с помощью визуализации на срезе ткани. Для такой визуализации могут быть использованы методы иммуногистохимии или in situ гибридизации РНК (Kameneva, P. et al., 2021. 10.1038/s41588-021-00818-x), дающие возможность анализировать пространственную экспрессию нескольких генов с разрешением на уровне единичных клеток или даже выше, а также самые современные подходы пространственной транскриптомики высокого разрешения (Stereo-Seq, Visium HD). Эти методы позволяют за счет измерения экспрессии генов на уровне единичных клеток не только выявлять расположение клеточных подтипов, но и контакты между ними, что позволяет проводить полноценное описание ниши стволовых клеток, а также взаимодействие иммунных клеток между собой и с опухолью.

В нашей лаборатории проводится активные работы с применением всех новых технологий scRNA-seq от создания клеточных суспензий до анализа, а также осваиваются самые передовые технологии пространственной транскриптомики. Результаты проведенных работ в лаборатории будут готовы к публикации уровня Nature.

Мы ищем амбициозного ученого и активного сотрудника, который будет строить гипотезы, планировать и проводить молекулярно-генетические эксперименты с применением транскриптомики на уровне единичных клеток и пространственной транскриптомики, анализировать полученные результаты и участвовать в написании статей.

Обязанности:

• Построение гипотез и дизайна исследований в области онкологии с применением технологии scRNA-seq и пространственной транскриптомики;

• Выполнение экспериментов, анализ результатов;

• Трансфер технологий пространственной транскриптомики высокого разрешения;

• Участие в написании статей в высокорейтинговых журналах.

Требования:

1. Рабочие навыки:

• Образование: высшее в области биологии или медицины;

• Понимание принципов и методов молекулярной биологии;

• Опыт работы в областях биологии развития и/или клеточной биологии;

• Уверенное владение основными методами молекулярной и клеточной биологии (ведение клеточных культур, работа с тканями млекопитающих, выделение ДНК/РНК разными методами, постановка различных вариантов ПЦР, молекулярное клонирование разными методами, ИГХ анализ, микроскопия, подготовка библиотек для NGS, контроль качества нуклеиновых кислот);

• Быстрый и глубокий анализ научной литературы, анализ протоколов на английском языке, их воспроизведение или оптимизация, планирование дизайна и хода эксперимента;

• Опыт написания и публикаций научных статей на английском языке.

2. Конкурентным преимуществом будет:

• Наличие навыков работы с криоблоками и срезами тканей млекопитающих на уровне иммуногистохимии, in situ, RNAscope, FISH;

• Опыт работы в получении суспензий единичных клеток, работы с системами для баркодирования единичных клеток по различным протоколам (10x Genomics и др.), опыт работы с методами пространственной транскриптомики;

• Наличие публикаций первым (или ко-первым) автором в журнале с IF больше 6.

3. Личные качества:

• Здоровая научная амбициозность;

• Стремление принимать участие в крупных научных проектах, готовность вкладывать в это весь свой энтузиазм;

• Умение работать в команде;

• Способность самостоятельно работать над поставленной руководителем задачей;

• Обучаемость, внимательность, ответственность.

Условия:

• Оформление по ТК РФ;
• Место работы: г. Долгопрудный, кампус МФТИ, современный корпус Физтех.Био;
• Полная занятость, график работы 5/2;
• Высоко оснащенная лаборатория, налаженная логистика реагентов;
• Повышение квалификации и обучение новым методам для нас — обязательная составляющая рабочего процесса;
• Возможность публиковаться в ведущих мировых научных журналах.

В соответствии с ТК РФ, работники сферы образования обязаны предоставить справку о наличии (отсутствии) судимости и (или) факта уголовного преследования, срок изготовления которой может быть до 30 дней, просим заранее позаботиться о ее получении. (Заказать можно на сервисе Госуслуги за пару минут).